تقویت زیر ساخت های پژوهشی در مرکز تحقیقات ایدز ایران، تمرکز بر تحقیقاتHIV/AIDS با تکیه بر جنبه های پیشگیری، اپیدمیولوژیک، فرهنگی- اجتماعی و روانشناسیHIV/AIDS، رفتارهای در میان جمعیت های دیده بان(Sentinel Population) و سوء مصرف داروهای مخدر و محرک، گسترش ارتباطات ملی، منطقه ای و بین المللی جهت تبادلات علمی، پژوهش های بین بخشی و همکاری در جهت برنامه های توسعه ای ملی از اهداف این مرکز است.